মহাকালী ইউনিয়নে কোন নদী নেই।
দুটি খাল রয়েছ।
১। প্রথম খালটি চৌধুরী বাজার খেকে প্রবাহিত হয়ে সাতানিখিল, দিয়ে চর কেওয়ার ইউনিয়নের দিকে চলে গেছে।
২। ২য় খালটি বজ্রযোগিনী ইউনিয়নের ডাকাত তলা থেকে শুরু করে মহাকালী ইউনিয়ন দিয়ে ছোটমাকহাটি গ্রাম দিয়ে আলদী বাজারের খালে চলে গেছে।
পরিকল্পনা ও বাস্তবায়নে: মন্ত্রিপরিষদ বিভাগ, এটুআই, বিসিসি, ডিওআইসিটি ও বেসিস